Sam jako metropolita przemyski robił bardzo wiele, aby łagodzić antagonizmy polsko-ukraińskie. To on wraz z abp. Światosławem Szewczukiem i arcybiskupami Mieczysławem Mokrzyckim i Janem Martyniakiem złożył swój podpis pod historycznym dokumentem: polsko-ukraińską deklaracją Kościołów z okazji 70-tej rocznicy zbrodni wołyńskiej, podpisaną 27 czerwca w 2013 roku. W tekście tego orędzia czytamy: „Przeproszenie i wzajemne wybaczenie jest niezbędne, gdy błędy czy zbrodnie z przeszłości tworzą barierę nieufności i obciążają wzajemne relacje. Tak więc do naszego pokolenia należy przekraczanie tych barier. Towarzyszy nam świadomość, że tylko małe – w sensie moralnym – narody, zajadle i przez odwet dochodzą rachunku swych krzywd. Natomiast narody wielkie potrafią zdobyć się na przebaczenie, które jest warunkiem odbudowania jedności. Pojednanie i przebaczenie to nie puste słowa, ale mają głęboką treść. Przebaczenie jest tym bardziej wartościowe, im głębsze jest uświadomienie winy”.
Sygnatariusz tego oświadczenia, arcybiskup Michalik urodził się w 1941 roku w Zambrowie. Był synem ziemi, której konflikty narodowościowe naznaczały wydarzenia z lat ostatniej wojny. Ale i po zakończeniu tego konfliktu w okolicach Zambrowa nie było spokoju. Oddziały komunistycznego KBW i sowieckiego NKWD urządzały polowania na oddziały niepodległościowej partyzantki „wyklętych”. Gdy w 2014 roku zbierałem relacje do swojej książki „My reakcja”, poprosiłem abp. Michalika o swoje najwcześniejsze wspomnienia z rodzinnego domu.
Wspominając dzieciństwo, abp Michalik mówił: „W domu niejednokrotnie mówiono o partyzantach. A to, że jakiś posterunek milicji zdobyli, albo że wcześniej napadli jakichś sąsiadów. A to, że zatrzymali autobus na trasie z Łomży do Kolna i wyciągnęli z niego kogoś, kto donosił władzy”. Przy niektórych akcjach pojawiała się niepewność: czy to byli niepodległościowcy czy jedna z band rabunkowych? Zambrów był jakby wyspą w morzu terenów, na których działało wiele najprzeróżniejszych grup. A mieszkańcy miasta, nieufni wobec oficjalnych wersji, milczeli i mogli się tylko domyślać kto jest kim. Tereny ziemi łomżyńskiej po wojnie stały się miejscem wielu powołań duszpasterskich. W rezultacie ten pewien typ patriotyzmu „łomżyńskiego” odciśnie się nie tylko na późniejszym arcybiskupie Józefie Michaliku, ale i na innych hierarchach, np. biskupie Stanisławie Stefanku, na Sławoju Leszku Głodziu czy arcybiskupie Andrzeju Wojdzie. To właśnie na tych terenach niezwykle silne wrażenie zrobiła akcja peregrynacji Obrazu Jasnogórskiego w ramach Wielkiej Nowenny Tysiąclecia.
Na scenę ogólnopolską Józef Michalik wkroczył w 1986 roku, kiedy to został biskupem gorzowskim. Po 1993 roku został wiceprzewodniczącym Konferencji Episkopatu Polski. W 2004 roku, po odejściu prymasa Glempa z funkcji Przewodniczącego Episkopatu Polski, stanęła na porządku dnia kwestia jego następstwa. Byliśmy wówczas świadkami ogromnej kampanii mediów liberalnych, które lansowały na to stanowisko kogoś z liberalnego skrzydła Episkopatu. Wiadomo, że ważnymi kandydatami byli Józef Życiński, metropolita lubelski czy arcybiskup Tadeusz Gocłowski. A jednak zwyciężył w tym wyścigu właśnie arcybiskup Józef Michalik. Do historii przeszły rozczarowane słowa arcybiskupa Tadeusza Pieronka, który wieść o wyborze arcybiskupa Michalika skomentował krytycznie: „Miało wyjść słońce, a mamy księżyc”. Z perspektywy czasu można powiedzieć, że dwie kadencje metropolity przemyskiego jako szefa Konferencji Episkopatu Polski w latach 2004-2014 uratowały polski Kościół przed nagłym skrętem w lewo.
Około 2010 roku media dotarły do informacji, że arcybiskup Józef Michalik był zarejestrowany przez SB jako TW „Zefir”. Dotyczyło to lat 1975-78, kiedy to Józef Michalik by jeszcze księdzem. Duchowny stanowczo zaprzeczył jakoby podjął współpracę. Jak zaznaczył hierarcha, nigdy świadomie nie współpracował z SB i nie podpisywał żadnych zobowiązań. Jednak wątpliwości budziły jego deklaracje, że nigdy nikogo nie skrzywdził. SB bardzo chętnie zbierała nawet drobne informacje, aby potem przedstawiać się jako siła wszechwiedząca, przed którą nie ukryje się nic. Mając to w pamięci, można więc stwierdzić, że deklarowanie, że nigdy nikogo się nie skrzywdziło, nie może uspokajać sumienia. Tylko esbecy wiedzieli, jak użyli informacji uzyskanych od młodego księdza. Kościelna komisja rozgrzeszyła Michalika deklarując, że nie ma żadnych pisemnych śladów współpracy w zachowanych archiwach. Co warto zaznaczyć, współpraca zakończyła się w 1978 roku, co nieprzypadkowo zapewne wiąże się z wyborem Jana Pawła II. W owych czasach nowa epoka rozliczeń zderzała się wówczas ze stosunkowo słabą metodologią badania dawnych archiwów SB. Kościelna komisja historyczna nie dopatrzyła się śladów świadomej współpracy. Jednak część historyków krytykowała ten werdykt wskazując, że sam fakt uznania młodego księdza Michalika za tajnego współpracownika pokazuje, że nawet jeżeli młody kapłan uważał, że nie dostarcza żadnych istotnych informacji, to jednak informacje podawane w rozmowach z SB-kami uważano za cenne i przydatne.
Posługa arcybiskupa Michalika jako szefa Episkopatu przypadła na czasy, w których kościół powoli przestawał korzystać z „efektu Jana Pawła II”. Pojawiały się już ataki na Kościół pod hasłem oddzielenia państwa od Kościoła, czy też antyklerykalizm stawał się środkiem do zdobycia popularności przez niektórych celebrytów. Na pewno arcybiskup przyczynił się do ustabilizowania pozycji Kościoła, choć nie był w stanie zapobiec szybkiej laicyzacji sfery publicznej. Wiele złych emocji wywołała jego nieprzemyślana wypowiedź, którą zinterpretowano jako zrzucanie części win za przypadki molestowania na ofiary. Arcybiskup Michalik wielokrotnie podkreślał, że nie chodziło mu o deprecjonowanie ofiar. Ale wrażenie pośredniej obrony zdeprawowanych kapłanów przyniosło dużo strat wizerunkowych Kościołowi.
Na pewno metropolita przemyski przeprowadził Kościół przez bardzo trudne lata na stosunkowo dobrym poziomie. Dziś wypada pomyśleć o Nim ze sporą wdzięcznością.
