Jego pierwszą placówką duszpasterską było Cittanova na półwyspie Istria. Tam swoją posługę rozpoczął od stworzenia oddziału Akcji Katolickiej. W 1939 r. został mianowany proboszczem niewielkiej parafii Villa Gardossi. Również i tu odtworzył Akcję Katolicką. Założył chór. Nauczał religii w lokalnej szkole. Zorganizował niewielką bibliotekę. Prawie codziennie, mimo chronicznej astmy i nieustannie atakującego go kaszlu, odwiedzał swoich parafian, szczególnie starszych, chorych i z małymi dziećmi, podróżując na rowerze albo pieszo, opierając się na lasce, z nieodłącznie towarzyszącym mu psem.

W czerwcu 1940 r. II wojna światowa dotarła do Istrii. Do 1943 r. nie wpływała jednak znacząco na życie mieszkańców. Gdy jednak 8 września 1943 r. nowy rząd Włoch ogłosił zawieszenie broni z nacierającymi od południa siłami alianckimi Wielkiej Brytanii i Stanów Zjednoczonych, sytuację starali się natychmiast wykorzystać komuniści, zarówno włoscy, jak i jugosłowiańscy. Zaczęli się organizować w Istrii, która stała się terenem starć między komunistami a faszystami. W połowie września do Istrii wkroczyli Niemcy, wspierający słabnące siły faszystowskie. W lasach nieopodal Villa Gardossi zaczęli pojawiać się partyzanci.

Ks. Franciszek starał się dalej posługiwać swoim parafianom, choć sytuacja stawała się krytyczna. Z narażeniem życia próbował odzyskiwać ciała poległych partyzantów i chować je po chrześcijańsku. Zapobiegł podpaleniu przez Niemców domu, którego mieszkańców podejrzewano o przechowywanie partyzantów. Interweniował w dowództwie sił faszystowskich w miejscowości Buje protestując przeciw zamordowaniu miejscowego chłopa. Uratował przed rozstrzelaniem przez partyzantów innego parafianina, którego komuniści podejrzewali o donosicielstwo. Ukrywał też młodzież, która nie chciała być powołana do nowej faszystowskiej armii.

W maju 1945 r. Niemcy poddali się. Włoskie wojska zostały wypędzone z Istrii przez zwycięskich komunistycznych partyzantów Józefa Broz Tito. Natychmiast rozpoczęły się prześladowania Kościoła. Organizowano "masówki", na które zapędzano wieśniaków i indoktrynowano ich, oskarżając Kościół o "wstecznictwo". Komunaziści zastąpili formalnie religijne święta świętami komunistycznymi. Zaczęto zapisywać wszystkich uczęszczających na Msze św. i nabożeństwa kościelne. Donosicielstwo stało się normą życia.

Franciszek kontynuował swoje posłannictwo. Ostrzegano go, że wśród jego parafian niektórzy zaczęli służyć nowym panom. Radzono, by nikomu nie ufał. Nie zastosował się do tych rad, mimo że realnie oceniał coraz bardziej zaciskającą się pętlę komunistycznych rządów. Wkrótce znalazł się, z wieloma innymi księżmi, na "czarnej" liście komunistycznej. Propaganda zaczęła go oskarżać o "antykomunizm i działalność wywrotową".

W czerwcu 1946 r. komuniści pobili biskupa Antoniego Santin, ordynariusza Triestu i Koper, przełożonego Franciszka, gdy udawał się na bierzmowanie w Koprze. 1 września 1946 r. ks. Franciszek miał mówić w kazaniu: "Chrystus kocha grzeszników, jest dobrym pasterzem, który szuka zagubionych owiec. Pragnie ich nawrócenia. Kocha nawet zdrajcę i nazywa go przyjacielem. Kocha swoich katów: prosi swego Ojca w niebie o łaskę wybaczenia dla nich".

11 września 1946 r. Franciszek, wracając z posługi w jednej z miejscowości, gdzie słuchał spowiedzi, został porwany i wywieziony w nieznanym kierunku. Jego ciała nigdy nie znaleziono. Ostatni raz widziano go ok. godziny 16.00, gdy został zatrzymany przez kilku komunistycznych milicjantów. Prawdopodobnie został zakatowany na śmierć: istnieją niepotwierdzone relacje o tym, że Franciszek był bity, okradziony z odzienia, bity kamieniami po głowie i w końcu dwukrotnie zasztyletowany, po czym wrzucony do jednej z wielu okolicznych jam krasowych. Przypuszcza się, że na samej Istrii komuniści jugosłowiańscy, z pomocą rosyjskich doradców, zamordowali w masakrach od 4 do 20 tys. osób.

Przez dziesięciolecia nad życiem i śmiercią ks. Franciszka panowała cisza. Dopiero ok. 1970 r. pojawiły się pierwsze relacje opisujące prawdopodobny przebieg ostatnich chwil jego życia. W 1998 r., w krypcie narodowego, włoskiego, sanktuarium Maryi Matki i Królowej, na wzgórzu Grisa niedaleko Triestu umieszczono cenotaf - symboliczny grób Franciszka. Został beatyfikowany 8 października 2008 r. w Trieście przez biskupa Eugeniusza Ravignani, ordynariusza Triestu, i reprezentującego papieża Benedykta XVI abp. Angelo Amato SDS.